Luego de una autenticación exitosa sobre la capa de transporte SSH, se abren múltiples canales a través de la técnica llamada multiplexing^[4]. Cada uno de estos canales manejan la conexión para diferentes sesiones de terminal y para sesiones de reenvío X11.

Ambos clientes y servidores pueden crear un canal nuevo. Luego se le asigna un número diferente a cada canal en cada punta de la conexión. Cuando el cliente intenta abrir un nuevo canal, los clientes envían el número del canal junto con la petición. Esta información es almacenada por el servidor y usada para dirigir la comunicación a ese canal. Esto es hecho para que diferentes tipos de sesión no afecten una a la otra y así cuando una sesión termine, su canal pueda ser cerrado sin interrumpir la conexión SSH primaria.

Los canales también soportan el control de flujo, el cual les permite enviar y recibir datos ordenadamente. De esta manera, los datos no se envían a través del canal sino hasta que el host haya recibido un mensaje avisando que el canal está abierto y puede recibirlos.

El cliente y el servidor negocian las características de cada canal automáticamente, dependiendo del tipo de servicio que el cliente solicita y la forma en que el usuario está conectado a la red. Esto otorga una gran flexibilidad en el manejo de diferentes tipos de conexiones remotas sin tener que cambiar la infraestructura básica del protocolo.