コンテナ管理データソース： Hibernate は JNDI が提供し、コンテナが管理する JDBC コネクションを使用できます。通常、 JTA 準拠の TransactionManager と ResourceManager がトランザクション管理 (CMT)、特に様々なデータソースにまたがる分散トランザクションを扱います。当然プログラムでトランザクション境界を指定できます (BMT)。あるいは、記述したコードのポータビリティを保つために、オプションの Hibernate の Transaction API を使いたくなるかもしれません。

自動 JNDI バインディング： Hibernate は JNDI が立ち上がった後に SessionFactory を生成します。

JTA セッションバインディング： Hibernate Session は自動的に JTA トランザクションのスコープにバインドされます。単純に SessionFactory を JNDI から lookup して、現在の Session を取得します。 JTA トランザクションが完了したときに、 Hibernateが Session をフラッシュし、クローズします。トランザクション境界は、宣言 (CMT) することも、プログラム (BMT/UserTransaction) することも可能です。

JMX デプロイメント: もし JMX が使用可能なアプリケーションサーバー（例えば JBoss AS） がある場合、 Hibernate を MBean としてデプロイすることを選べます。これは Configuration から SessionFactory を生成するコードを無くすことができます。コンテナは HibernateService を起動し、サービスの依存を理想的に管理します（データソースは Hibernate やその他が起動する前に使用できるようにしなければなりません）。