copiar todo un directorio

[kernelex]

Saludos, me preguntaba cual sería la forma mas eficaz de copiar todo un 
directorio. La primera respuesta sería un cp -r
pero, lo que quiero hacer es crear un "clon" de mi directorio usr, ya 
que quiero pasarlo a otra partición donde hay mas espacio, primero lo 
hice con cp -r, transfiríó todos los archivos, y modifiqué el fstab para 
que al próximo inicio me levante el usr desde su nueva ubicación, pero 
al momento de cargar, me dice que el archivo no existe y asi, ¿será 
cuestión de permisos?.
La nueva partición para usr está en reiser4, mi kernel está recompilado 
para que soporte este sistema de archivos. En lugar de cp -r, ¿podría 
usar un rsync?, un problema sería que la partición origen esta en otro 
sistema de archivos que la partición destino...

Gracias por su ayuda.